厌氧主要是提高水的生化学，其功能也是释放磷，使污水中磷的含量浓度升高，让溶解性有机物被物生物细胞吸收使水中的BOD浓度下降，氨氨也因细胞的合成而被去除一部分，这样水中的氨氨浓度也会下降，但硝化含量没有变化。在缺氧池中，反硝化菌利用污水中的有机物作为碳源，将回流混合液中带入大量的硝化氨和亚硝酸盐氟，还原为气释放到空气，因此BOD浓度下降，硝态氨浓度大幅度下降，而磷的变化不大。在好氧池中有机物被微生物生化降解，有机物氨被氨化然后被硝化,使氨氨浓度明显下降，但随着消化过程使硝化氨的浓度增加，磷随着聚磷菌的大量摄取，以较快的速度下降。

AAOT艺它可以同时完成有机物的去除，硝化脱氧除磷等功能，脱氯的前提硝化要完全被硝化,好氧池可以完成这一功能，缺氧池则完成脱氛功能，厌氧池和好氧池联合完成除磷功能。